กองแผนงาน ตั้งอยู่ที่อาคารมิ่งขวัญ ชั้น 3 มหาวิทยาลัยนเรศวร เลขที่ 99 ถนนพิษณุโลก นครสวรรค์ ทุ่งหนองอ้อ หมู่ที่ 9
ตำบลท่าโพธิ์ อำเภอเมืองพิษณุโลก จังหวัดพิษณุโลก มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยนเรศวรขึ้นใน จังหวัดพิษณุโลก ในปี พ.ศ.2533
โดยการยกวิทยฐานะจาก มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลก พร้อมจัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร
ได้แก่ สานักงานอธิการบดี และหน่วยงานอื่น ๆ โดยให้แบ่งส่วนราชการในสานักงานอธิการบดีเป็น กองกลาง กองกิจการนิสิต
กองบริการการศึกษา และกองแผนงาน (ตาม ประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยนเรศวร
พ.ศ.2534 และปรับปรุงแก้ไข พ.ศ.2539) และคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนในมหาวิทยาลัย ก.ม.)ได้กาหนดให้มีการแบ่ง
ส่วนราชการภายในกองแผนงาน ออกเป็น 4 งาน ดังนี้
1. งานธุรการ
2. งานวิเคราะห์งบประมาณและอัตรากาลัง
3. งานวิจัยสถาบันและสารสนเทศ
4. งานผังแม่บทและออกแบบก่อสร้าง
และในปีพ.ศ.2558 สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ในคราวประชุมครั้งที่ 207 (5/2558) เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2558การพิจารณา
การปรับโครงสร้างหน่วยงานภายใต้สานักงานอธิการบดี ได้มีมติเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2558 อนุมัติให้มีการแบ่งส่วนราชการ
ภายในกองแผนงาน ออกเป็น 2 งาน ดังนี้
1. งานติดตามและประเมินผล
2. งานงบประมาณ
