สถานสัตว์ทดลองเพื่อการวิจัย ได้กำหนดพันธกิจ เพื่อเป็นแนวทางในการดำเนินตามนโยบายของมหาวิทยาลัยนเรศวร ดังนี้

1. เป็นหน่วยงานกลางที่ให้บริการเลี้ยงสัตว์ทดลอง การบริการพื้นที่ทดลองและวัสดุอุปกรณ์สำหรับการเลี้ยงดูสัตว์ การดูแลสัตว์ระหว่างวิจัยและทดสอบ ให้กับนิสิตนักศึกษา และบุคลากรของมหาวิทยาลัย
2. จัดทำแหล่งข้อมูลวิชาการทางด้านวิทยาศาสตร์สัตว์ทดลอง รวมทั้งเป็นแหล่งให้บริการวิชาการโดยจัดอบรมให้ความรู้เรื่องวิทยาศาสตร์สัตว์ทดลองและเทคนิคปฎิบัติต่อสัตว์ให้สอดคล้องกับจรรยาบรรณการใช้สัตว์และมาตรฐานสากลให้แก่นักวิจัย นิสิตนักศึกษาและผู้ที่เกี่ยวข้องกับการวิจัยที่ใช้สัตว์เพื่องานทางวิทยาศาสตร์ นอกจากนี้ยังมุ่งหวังที่จะเป็นหน่วยงานที่ให้บริการทดสอบที่ใช้สัตว์ทดลอง เช่นการทดสอบพิษวิทยาของสารเคมี สมุนไพร หรือเครื่องสำอาง เป็นต้น
3. จัดทำมาตรฐานวิธีการปฎิบัติ (standard operating procedure, SOP) ในการปฎิบัติงานที่สามารถตรวจสอบได้ทุกระบบ รวมทั้งมาตรฐานห้องปฎิบัติการ (Good Laboratory Practice, GLP) และพัฒนาระบบงานเลี้ยงและใช้สัตว์เพื่องานทางวิทยาศาสตร์ได้รับการรับรองจากองค์กรการรับรองมาตรฐานสากล (The Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care (AAALAC International )
4. สร้างเครือข่ายทั้งในและต่างประเทศเพื่อแลกเปลี่ยนความรู้และเทคโนโลยีที่ทันสมัย
5. เป็นศูนย์ทดสอบในสัตว์ทดลอง ตามหลักการ OECD GLP สำหรับการทดสอบความปลอดภัย(safety test) ในส่วนที่มีผลต่อสุขภาพ (Heath effects) ของวัคซีนและชีววัตถุ สมุนไพร และผลิตภัณฑ์สุขภาพ ฯลฯ